10 Conseils sur Travailler avec des packages dans R - des nuls

L'une des fonctionnalités les plus attrayantes de R est qu'il contient une grande collection de paquets tiers (collections de fonctions dans un format bien défini). Pour tirer le meilleur parti de R, vous devez comprendre où trouver des paquets supplémentaires, comment les télécharger et les installer, et comment les utiliser.

Explorez les coins et les recoins de CRAN

Le réseau d'archives R complet (CRAN) est un réseau de serveurs Web à travers le monde où vous pouvez trouver le code source R, les manuels et la documentation.

CRAN n'est pas un site unique; c'est une collection de serveurs web, chacun avec une copie identique de toutes les informations sur CRAN. Ainsi, chaque serveur Web est appelé un miroir. L'idée est de choisir le miroir le plus proche de l'endroit où vous vous trouvez, ce qui réduit le trafic Internet international ou interurbain. Vous pouvez trouver une liste des miroirs CRAN ici.

Quelle que soit l'interface R utilisée, vous pouvez enregistrer définitivement votre miroir CRAN préféré (et d'autres paramètres) dans un fichier spécial appelé. RProfile, situé dans le répertoire personnel de l'utilisateur ou dans le répertoire de démarrage de R. Par exemple, pour définir l'Imperial College, miroir anglais comme votre miroir CRAN par défaut, incluez cette ligne dans votre. RProfile:

options ("repos" = c (CRAN = " // cran.ma.impérial.ac.uk/"))

Trouver des paquets intéressants

Au début de 2015, il y avait plus de 6 000 paquets sur CRAN. Cela signifie qu'il peut sembler difficile de trouver un forfait pour votre tâche.

Heureusement, une poignée d'experts bénévoles ont rassemblé certains des paquets les plus utilisés dans des listes sélectionnées. Ces listes sont appelées vues de tâches CRAN. Vous pouvez trouver des vues de tâches pour la finance empirique, la génétique statistique, l'apprentissage automatique, l'apprentissage statistique et bien d'autres sujets fascinants.

Chaque paquet a sa propre page web sur CRAN. Sur la page Web d'un package, vous trouverez un résumé, des informations sur les packages utilisés, un lien vers le site Web du package (si un tel site existe) et d'autres informations utiles.

Installation de paquets

Pour installer un paquet, utilisez l'installation. Fonction packages (). Cette commande simple télécharge le paquet depuis un dépôt spécifié (par défaut, CRAN) et l'installe sur votre machine: >> install. packages ("fortunes")

Notez que l'argument à installer. packages () est une chaîne de caractères. En d'autres termes, n'oubliez pas les citations autour du nom du paquet!

Dans RGui, ainsi que dans RStudio, vous trouvez une commande de menu pour faire la même chose:

Dans RGui, choisissez Packages → Install package (s).

• Dans RStudio, choisissez Outil → Installer les paquets …

• Chargement des paquets

Pour charger un paquet, vous utilisez la fonction library () ou require (). Ces fonctions sont identiques dans leurs effets, mais elles diffèrent dans la valeur de retour:

library ()

• : Invisibly renvoie une liste de paquetages attachés, ou s'arrête avec une erreur si le paquet n'est pas sur votre machine. require ()

• : Retourne TRUE si le paquet a été joint avec succès et FALSE sinon.

  La documentation de R suggère que library () est le moyen préféré de charger des paquets dans des scripts, alors que require () est préféré dans les fonctions et les paquets.

Donc, après avoir installé le paquet, vous le chargez comme ceci: >> library ("fortunes")

Notez que vous n'avez pas besoin de citer le nom du paquet dans l'argument de library (), mais il est recommandé de toujours indiquer le nom du package.

Bien qu'il soit possible de décharger un paquet dans une session R en utilisant la fonction detach (), en pratique il est généralement plus facile de simplement redémarrer votre session R.

Lire le manuel du paquet et la vignette

Le manuel du paquet est une collection de toutes les fonctions et de la documentation d'un autre paquet. Vous pouvez accéder au manuel de deux manières. La première façon est d'utiliser l'argument help de la fonction library ():

>> library (help = "fortunes")

La seconde façon est de trouver le manuel sur le site web du paquet. Si vous pointez la fenêtre de votre navigateur vers la page CRAN du paquet fortunes, vous remarquerez un lien vers le manuel vers le bas de la page.

Quelle que soit l'approche choisie, le résultat est un document PDF contenant le manuel du paquet.

Certains auteurs de package écrivent également une ou plusieurs

vignettes, des documents illustrant comment utiliser le package. Une vignette montre généralement quelques exemples d'utilisation des fonctions et comment démarrer. L'élément clé est qu'une vignette illustre comment utiliser le paquet avec le code R et la sortie, tout comme ce livre.

Pour lire la vignette du paquet fortunes, essayez ce qui suit: >> vignette ("fortunes") Mise à jour des paquets Pour vous assurer que vous avez la dernière version d'un paquet, utilisez update. packages (): >> mise à jour. packages ()

Cette fonction se connecte à CRAN (par défaut) et vérifie s'il y a des mises à jour pour tous les paquets que vous avez installés sur votre machine. Si tel est le cas, il vous demande si vous souhaitez mettre à jour chaque package, puis télécharge le code et installe la nouvelle version.

Si vous ajoutez une mise à jour. packages (ask = FALSE), R met à jour tous les packages obsolètes dans l'emplacement de la bibliothèque actuelle, sans vous y inviter. En outre, vous pouvez dire la mise à jour. packages () pour regarder un référentiel autre que CRAN en changeant l'argument repos. Si l'argument repos indique un fichier sur votre machine (ou réseau), R installe le paquet à partir de ce fichier.

RGui et RStudio ont des options de menu qui vous permettent de mettre à jour les paquets:

Dans RGui, choisissez Packages → Mettre à jour le (s) paquet (s).

Dans RStudio, choisissez Outils → Vérifier les mises à jour des paquets …

Les deux applications vous permettent de sélectionner graphiquement les paquets à mettre à jour.

Poursuivre avec R-Forge

Bien que ce ne soit pas universellement vrai, les paquets sur CRAN tendent à avoir un minimum de maturité.

• Alors, où vivent les paquets qui sont dans le cycle de développement? Très souvent, ils vivent à R-Forge. R-Forge offre aux développeurs une plate-forme pour développer et tester leurs packages R. Par exemple, R-Forge offre

Un système de compilation et de vérification sur les systèmes d'exploitation Windows et Linux (Mac OSX n'est pas supporté)

Contrôle de version

Systèmes de rapport de bogue

Sauvegarde et administration

Pour installer un projet de R-Forge, vous utilisez également l'installation. packages (), mais vous devez spécifier l'argument repos. Par exemple, pour installer la version de développement des données du package. Essayez ce qui suit:

• >> installer. packages ("data. table", repos = " // R-Forge.R-project. org")

• Bien que R-Forge ne dispose pas d'un système de construction et de vérification pour Mac OSX spécifiquement, les utilisateurs Mac peuvent installez et utilisez les paquets de R-Forge en installant le paquet source. Vous trouverez plus d'informations dans la FAQ pour Mac.

• Obtenir des paquets de github

• Ces dernières années, de nombreux développeurs ont commencé à utiliser github comme site de développement de code. Bien que github n'offre aucune des fonctionnalités spécifiques à R de CRAN ou de R-Forge, le code est parfois plus facile à partager en utilisant github. Ainsi, vous pouvez parfois obtenir des instructions pour installer un paquet directement depuis github.

Sur les systèmes d'exploitation Linux et Mac OSX, l'installation de paquets depuis github est relativement facile. Cependant, sous Windows, vous devez d'abord installer RTools (un ensemble de compilateurs et d'autres outils pour construire des paquets à partir de la source). Pour installer RTools sur une machine Windows, suivez attentivement les instructions.

Conduite d'installations à partir de BioConductor

BioConductor est un référentiel de progiciels et de logiciels R, une collection d'outils spécialisés dans l'analyse de données génomiques et connexes.

BioConductor a ses propres règles pour les développeurs. Par exemple, pour installer un paquet à partir de BioConductor, vous devez rechercher un script sur son serveur: >> source (" // bioconducteur.org / biocLite. R")

Vous pouvez ensuite utiliser le biocLite () Fonction pour installer des paquets de BioConductor. Si vous ne fournissez pas d'argument, vous installez simplement les paquets de base nécessaires à partir du projet BioConductor.

BioConductor utilise intensivement la programmation orientée objet avec les classes S4.

Lecture du manuel R

Le manuel "R Installation et administration" est un guide complet sur l'installation et l'administration de R. Le chapitre 6 de ce manuel contient toutes les informations dont vous avez besoin pour travailler avec des paquets.